Trong khi đó, chiếc bút S-Pen vẫn là một điểm nhấn đáng giá của Galaxy Note 3 Neo. Với những ứng dụng như S Note hay Action Memo, bạn có thể dễ dàng ghi chú, vẽ hay viết bất cứ nội dung gì mình thích. Chiếc bút này được đặt gọn gàng dọc cạnh phải của máy. Thay mặt kính note 3 chính hãng Đánh giá Samsung Galaxy Note 3 Neo: Kẻ ăn theo giá cao? Về cơ bản, gần như giữ nguyên những đường nét kế thừa từ Galaxy Note 3, do đó Neo trông khá nam tính với kiểu dáng vuông vức.

Mặc dù đã thu gọn kích thước màn hình xuống còn 5.5 inch nhưng Note 3 Neo vẫn là một sản phẩm thuộc họ Note và nó khá to để có thể sử dụng máy bằng một tay. Tuy nhiên, Samsung đã khắc phục vấn đề này bằng tính năng "Thao tác một tay" nằm trong phần Cài đặt của Note 3 Neo. Với tính năng này, bàn phím quay số, bàn phím nhập liệu, máy tính, màn hình mở Thay mặt kính Note 3 khoá đều được thu nhỏ gọn lại và có thể di chuyển sang bên phải, hoặc bên trái của máy để người sử dụng dễ với ngón tay tới hơn.

Model này chạy trên nền hệ điều hành Android 4.3 với giao diện Touch Wiz phiên bản mới. Máy tập trung nhiều khảo khả năng hoạt động đa nhiệm cũng như tính năng ghi chú cá nhân với cây bút cảm ứng S-Pen. Cây bút này cũng cho phép nhập liệu chữ viết tay bằng tiếng Việt khá dễ dàng.Tuy nhiên, những tính năng bị lược bỏ trên Note 3 Neo không phải quá quan trọng khi những chế độ chụp thú vị và thường được dùng hơn vẫn xuất hiện, như chụp ảnh kèm âm thanh